对于内地投资者来说，即使十分解了港股通的交易规则等内容，依然要树立风险意识。除了投资者已经熟知的股价价差风险之外，还有许多其他要关注的风险类型。内地投资者投资香港市场可能面临如下几种主要风险。
1. 市场联动风险
由于香港市场外汇资金可以自由流动，海外资金流动与港股价格之间表现出高度关联性，因此，投资者在参与港股市场交易时受全球宏观经济和货币政策变动导致的系统风险相对较大。
2. 无涨跌幅限制的股价波动风险
由于港股市场实行T+0交易机制，且不设涨跌幅限制，加之香港市场结构性产品和衍生品种类相对丰富，因此，香港市场个股的股价受到意外事件驱动的影响而表现出股价波动的幅度相对A股更为剧烈。
3. 个股的流动性风险
在香港市场，部分中小市值股票成交量相对较少，流动性较为缺乏，投资者持有此类股票，可能缺乏交易对手方，因此面临小量抛盘甚至导致股价大幅下降的风险。
除了上述港股通投资风险之外，投资者还需要注意以下事项。
（1）订单类型。
在试点初期，港股通投资者在联交所开市前时段仅能输入竞价限价盘，在持续交易时段仅能以增强现价盘进行买卖。
（2）额度控制。
试点初期，港股通总额度为2500亿元人民币每日额度为105亿元人民币。注意，额度统计口径为买卖相抵后的净流量。内地投资者应当充分了解因港股通额度控制可能造成的买单交易无法及时执行，从而遭受损失的风险。
（3）交易日。
香港与内地A股市场的交易日并不完全一致。沪港通在沪港两地均为交易日且能够满足结算安排时开通，投资者在参与港股通交易时需要充分了解。
（4）货币兑换。
作为港股通标的的联交所上市公司股票以港币报价，以人民币交收。因为港股通相关结算换汇处理在交易日日终而不是交易日日间进行，所以投资者需要关注由不同交易时间结算造成的汇率风险。
（5）投资标的。
投资者可能面临因为标的证券被调出港股通标的范围而无法继续买入的风险，以及由此可能遭受的经济损失。
